Od 1 kwietnia 2026 roku polscy przedsiębiorcy, w tym również podmioty z branży medycznej, będą musieli dostosować się do nowej ery fakturowania. Wejście w życie obowiązku korzystania z Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) to rewolucja, która dotknie każdego – od jednoosobowych gabinetów lekarskich po duże spółki medyczne. Oznacza to konieczność odbioru faktur kosztowych, a w wielu przypadkach także ich wystawiania, za pośrednictwem centralnej platformy Ministerstwa Finansów.

Krajowy System e-Faktur (KSeF) to ogólnopolska platforma do wystawiania i otrzymywania faktur w formie elektronicznej. Celem wprowadzenia systemu jest ujednolicenie i uszczelnienie procesu fakturowania w Polsce. Dla sektora medycznego oznacza to zarówno nowe obowiązki, jak i potencjalne korzyści.

Kogo i od kiedy dotyczy obowiązek KSeF?

Zgodnie z najnowszymi regulacjami, obowiązkowy KSeF będzie wprowadzany etapami:

  • Od 1 lutego 2026 r. dla przedsiębiorców, których wartość sprzedaży (wraz z kwotą podatku) przekroczyła w 2024 r. 200 mln zł.
  • Od 1 kwietnia 2026 r. dla wszystkich pozostałych przedsiębiorców.

Co istotne, obowiązek odbierania faktur w KSeF będzie dotyczył wszystkich przedsiębiorców już od lutego 2026 roku, dlatego wcześniejsze przygotowanie jest kluczowe dla płynnego przejścia na nowy system.

Wyjątki i sytuacje szczególne, czyli kto jest zwolniony z KSeF?

Mimo powszechności obowiązku, ustawodawca przewidział pewne wyłączenia i okresy przejściowe:

  • Faktury dla pacjentów indywidualnych:
    Faktury wystawiane na rzecz osób fizycznych, które nie prowadzą działalności gospodarczej, nie muszą być przesyłane przez KSeF. W takich przypadkach lekarze i placówki medyczne będą mogli nadal stosować dotychczasowe formy fakturowania – papierowe lub elektroniczne.
  • Ułatwienia dla mikroprzedsiębiorców:
    Małe gabinety lekarskie, których miesięczna wartość sprzedaży udokumentowana fakturami nie przekracza 10 000 zł brutto, będą mogły w okresie od 1 kwietnia do 31 grudnia 2026 r. nadal wystawiać faktury poza KSeF. Należy jednak pamiętać, że przekroczenie tego limitu w danym miesiącu będzie oznaczało trwałą utratę tego uprawnienia.
  • Faktury z kas fiskalnych:
    Paragony z numerem NIP, traktowane jako faktury uproszczone, oraz inne faktury wystawiane przy użyciu kas rejestrujących, będą mogły być wystawiane na dotychczasowych zasadach do końca 2026 roku. Od 1 stycznia 2027 r. ta możliwość zostanie zlikwidowana.

KSeF w praktyce: Scenariusze dla branży medycznej

Jednoosobowy gabinet lekarski (działalność w CEIDG)

  • Lekarz zwolniony z VAT (świadczący typowe usługi medyczne):
    • Od 1 kwietnia 2026 r. nie będzie musiał wystawiać faktur w KSeF dla pacjentów indywidualnych.
    • Jednakże, będzie zobowiązany do odbierania wszystkich faktur kosztowych przez KSeF. Dotyczy to m.in. faktur za media, czynsz, leasing sprzętu medycznego czy paliwo.
  • Lekarz-płatnik VAT (np. medycyna estetyczna, usługi dla firm):
    • Od 1 kwietnia 2026 r. będzie musiał wystawiać wszystkie faktury dla innych firm (B2B) wyłącznie przez KSeF.
    • Jednocześnie, tak jak lekarz zwolniony z VAT, będzie odbierał wszystkie faktury kosztowe za pośrednictwem systemu.

Prywatna przychodnia medyczna

Niezależnie od formy prawnej, każda przychodnia od 1 kwietnia 2026 r. będzie musiała:

  • Odbierać wszystkie faktury kosztowe przez KSeF.
  • Jeśli jest czynnym podatnikiem VAT, wystawiać faktury sprzedaży B2B za pośrednictwem systemu.

Specyfika działalności przychodni, wiążąca się z dużą liczbą faktur kosztowych, może wymagać wdrożenia dedykowanego oprogramowania zintegrowanego z systemem kadrowo-księgowym.

Spółki medyczne (sp. z o.o., komandytowe, partnerskie)

Wszystkie spółki medyczne od 1 kwietnia 2026 r. będą w pełni objęte obowiązkiem korzystania z KSeF, zarówno w zakresie odbioru faktur kosztowych, jak i ich wystawiania (w przypadku płatników VAT w relacjach B2B).

Jak przygotować się na wdrożenie KSeF? Praktyczny poradnik.

  1. Zweryfikuj swoje oprogramowanie: Skontaktuj się z dostawcą oprogramowania gabinetowego lub księgowego, aby upewnić się, że będzie ono gotowe na integrację z KSeF. System RAKS jest w pełni przygotowany do obsługi KSeF zarówno w zakresie dokumentów sprzedażowych (moduł Sprzedaż i Magazyn) jak i dokumentów kosztowych (moduł Księga Handlowa i Książka Podatkowa).
  2. Uzyskaj dostęp do systemu: Zaloguj się do KSeF, korzystając z Profilu Zaufanego, podpisu kwalifikowanego lub e-dowodu. W przypadku spółek, dostęp uzyskują osoby uprawnione do reprezentacji.
  3. Nadaj uprawnienia: Aby usprawnić pracę, nadaj dostęp do systemu swojemu biuru rachunkowemu lub wyznaczonym pracownikom administracyjnym.
  4. Ustal wewnętrzne procedury: Określ, kto będzie odpowiedzialny za regularne pobieranie faktur z systemu, jak często będzie to robił i w jaki sposób dokumenty będą przekazywane do księgowości.
  5. Rozważ integrację systemów: W przypadku większych podmiotów, takich jak przychodnie czy szpitale, kluczowa może okazać się integracja programów finansowo-księgowych z KSeF, co pozwoli zautomatyzować proces i uniknąć ręcznego pobierania dużej liczby dokumentów.

Podsumowanie kluczowych zmian.

  • Lekarze zwolnieni z VAT: Głównym obowiązkiem od 1 kwietnia 2026 r. będzie odbieranie faktur kosztowych w KSeF.
  • Lekarze-płatnicy VAT: Od 1 kwietnia 2026 r. będą zarówno wystawiać faktury B2B, jak i odbierać faktury kosztowe wyłącznie przez KSeF.
  • Przychodnie i spółki medyczne: Od 1 kwietnia 2026 r. będą musiały w pełni korzystać z systemu KSeF (odbiór i wystawianie faktur).

Wdrożenie KSeF to znacząca zmiana, która wymaga od całej branży medycznej odpowiedniego przygotowania. Najlepszym rozwiązaniem, szczególnie dla większych placówek, jest jak najwcześniejsze nadanie uprawnień do systemu księgowości oraz integracja wykorzystywanych systemów informatycznych z Krajowym Systemem e-Faktur. Pozwoli to na płynne przejście do nowego modelu fakturowania i uniknięcie problemów operacyjnych w przyszłości.