W E-Pracowniku ze względów bezpieczeństwa proces logowania został tak skonstruowany, by w jak największym stopniu ograniczyć próby nieautoryzowanego dostępu. Użytkownik podaje login oraz hasło, które musi sam sobie nadać. Niemniej za nim to zrobi, w momencie dodawania użytkownika, system generuje losowe hasło i wysyła do użytkownika na jego adres mailowy. Pierwsze logowanie użytkownika wymaga podania loginu oraz hasła wygenerowanego przez aplikacje. Następnie po poprawnym zalogowaniu pojawia się ekran zmiany hasła, gdzie użytkownik musi podać nowe hasło. Dzięki temu nikt, nawet Administrator nie zna haseł użytkowników. Hasła przechowywane są w formie zaszyfrowanej bez możliwości ich ponownego odszyfrowania. Poza tym, użytkownik zarządzający pracownikami może w dowolnej chwili wymusić zmianę hasła resetując jego wartość. Po zresetowaniu hasła, system generuje nowe, tymczasowe hasło i wysyła go drogą mailową do pracownika, ten podczas logowania musi kolejny raz nadać sobie nowe hasło. Po zalogowaniu użytkownik ma dostęp do funkcjonalności aplikacji zgodnie z przydzieloną mu rolą.
Po zakończeniu pracy użytkownik powinien się wylogować. Pozostawienie zalogowanej aplikacji grozi nieautoryzowanym dostępem osób trzecich. Proces wylogowania można wywołać poprzez kliknięcie na przycisku „Wyloguj” znajdującym się w Menu głównym aplikacji lub na nazwie zalogowanego użytkownika.
E-pracownik ma również wbudowaną funkcję automatycznego wylogowania po określonym czasie bezczynności. Bezczynność w aplikacji jest rozumiana jako czas pomiędzy kolejnymi przeładowaniami strony. Klikanie na stronie aplikacji nie jest rejestrowane jako działanie, dopiero zmiana strony lub jej odświeżenie zamyka okres bezczynności i resetuje licznik. W nagłówku każdej strony, jeżeli ustawiona jest odpowiednia opcja w ustawieniach, wyświetla się licznik wskazujący, ile czasu pozostało do automatycznego wylogowania. Na piętnaście sekund przed wylogowaniem zmienia się kolor licznika na czerwony.
