Powody niepotrącania zaliczki na podatek z listy podatkowej PPK mogą być następujące:
- błędna kolejność dodawania list płatniczych – ważne jest, aby lista podatkowa PPK powstała wcześniej niż lista podstawowa w kolejnym miesiącu, w którym ma się potrącić zaliczka,
- data wypłaty listy podatkowej PPK wcześniejsza niż data wypłaty listy podstawowej naliczanej w kolejnym miesiącu – program potrąci wtedy zaliczkę dopiero na kolejnej liście, na której będzie mógł wykonać tę operację. W tej sytuacji należy doprowadzić do zgodności dat wypłat na poszczególnych listach (tak aby data wypłaty listy podatkowej PPK była wcześniejsza niż data wypłaty listy podstawowej, na której ma się potrącić zaliczka na podatek od PPK),
- brak określonej listy płatniczej w parametrach firmy do rozliczania kosztów uzyskania przychodu i ulgi podatkowej dla umów o pracę (Administracja -> Parametry -> Parametry firmy -> Rozliczaniu KUP i ulgi na liście). Może się wtedy zdarzyć, że koszty zostaną uwzględnione na podatkowej liście PPK, czego efektem będzie brak wykazanej zaliczki, co doprowadzi do braku potrącenia zaliczki na przyszłej liście płatniczej.